За три года - более 20 нарушений воздушного пространства ЛитвыС 2005 года воздушное пространство Литвы было нарушено более 20 раз: самолеты из России, Белоруссии, Латвии и Польши отклонялись от проходящих через эти страны международных воздушных коридоров. И не всегда владельцами этих самолетов были упомянутые страны. Некоторые военные нарушения происходили из-за ошибок при оформлении формальностей полета.
За аналогичный период Литва допустила лишь 8 нарушений воздушного пространства соседних стран, однако ни один военный самолет воздушную границу соседних стран со стороны Литвы не нарушил. Нарушения обычно происходили по вине пилотов малых частных самолетов. Надо отметить, что количество нарушений воздушного пространства Литвы заметно сократилось после вступления страны в НАТО в 2004 году.
Самое известное нарушение воздушного пространства Литвы произошло 15 сентября 2005 года, когда в Шакяйском районе, на границе с Калининградской областью России, разбился российский истребитель "Су-27".
Пилот истребителя Валерий Троянов успешно катапультировался и приземлился на парашюте в соседнем Юрбаркском районе. Жертв удалось избежать, так как самолет упал в поле вдали от населенных пунктов. Как следовало из выводов комиссии, расследовавшей авиакатастрофу, на аварию Су-27 повлияла "совокупность технических, организационных и человеческих факторов". Дело о нарушении международных правил полетов, возбужденное против Троянова в Литве, было прекращено. Пилота и обломки самолета вернули России, а последняя возместила Литве ущерб, причиненный в результате катастрофы, - 19 тысяч евро.
Сегодня воздушное пространство Литвы охраняют ВВС стран НАТО, согласно соглашению с НАТО об охране воздушного пространства стран Балтии до 2011 года. Литва, Латвия и Эстония добиваются продления патрулирования неба над Балтией истребителями союзников хотя бы до 2018 года.